出版社や学会への許諾手続きや確認は誰が行うのですか？

A. 原則として，登録者が行う事となっていますが，登録時に既に手続きや確認を済ませているといったお申し出がない場合は図書館でも行います。

出版者のWEBサイト等でリポジトリでの公表可能であると確認しました。その場合であっても出版者に許諾を申請する必要があるでしょうか？

A. 出版者のWEBサイトに直接書かれている場合や、投稿規定、著作権譲渡契約書(Copyright Transfer Form)に記載されている場合は申請する必要はありません。
ただし、「リポジトリへの登録は可能だが事前照会を条件とする」等とある場合はこの限りではありません。